The year is 2025. Five years have passed since the Tokyo Olympic Games were called off after deadly terrorist attacks. An international school run by the United Nations now stands in the former Olympic site on the edge of Tokyo Bay. Seven teenagers with special abilities, known as “Flowers,” are among the students.
Bộ phim sẽ kể lại câu chuyện hoàn toàn mới được viết bởi chính Hideaki Sorachi, là bộ phim thứ hai của Gintama. Gintoki bị cuốn văng tới tương lai 5 năm sau. Nơi đó một dịch bệnh lạ hoành hành khiến đa số cư dân Trái Đất phải trốn ra vũ trụ, Gin đã chết khi một mình cố ngăn bệnh dịch. Kagura và Shinpachi cùng nhiều người khác thay đổi hoàn toàn sau cái chết của Gin, nhưng họ đều muốn nối bước Gin để lại. Không ai có thể nhận ra Gin trong quá khứ. Vậy Gintoki phải làm gì để thay đổi số phận
bối cảnh ở một thế giới tương lai, khi đất nước con người ở năm 2025, một loại máy móc đặc biệt -kikou đột nhiên xuất hiện và tấn công loài người trên trái đất.Biết bao nhiêu con người và gia đình rơi vào cảnh li tan, những thành phố mới đó tươi đẹp bỗng chốc trở thành những chốn hoang tàn đầu mùi tử khí.
Trong tương lai công nghệ nền văn minh đã đạt đến hình thức Net-based cuối cùng của nó. Một "nhiễm trùng" trong quá khứ gây ra các hệ thống tự động xoắn ốc ra khỏi trật tự, kết quả là một cấu trúc thành phố đa cấp sao chép chính vô hạn trong mọi hướng. Bây giờ nhân loại đã mất quyền kiểm soát thành phố, và bị săn đuổi.
Trong Cuộc chiến Chén Thánh, các Pháp sư (Master) và các Anh linh (Người hầu) của họ chiến đấu để giành quyền kiểm soát Chén Thánh—một thiết bị ban điều ước toàn năng được cho là có thể đáp ứng mọi mong muốn