Bối cảnh phim diễn ra tại Tokyo năm 1969. Trái đất đang bị tấn công bởi những kẻ xâm lược (Invader).. Tuy nhiên công chúng lại không hề biết điều này. Để chống lại những cuộc tấn công của Invader, một tổ chức bí mật là A.E.G.I.S đã được thành lập.
Năm U.C 0087, 7 năm sau One Year War. Titan, một tổ chức tập trung tất cả tinh túy của Earth Federation được thành lập nhằm tiêu diệt những thế lực chống đối. Tuy nhiên Titan sớm trở nên mất kiểm soát, thi hành những chính sách tàn bạo với cả Trái Đất và không gian. Để chống lại Titan, những người dân bất mãn, thành viên cũ của Zeon và cả những người lính Federation tập hợp lại và thành lập tổ chức Anti-Earth Union Group hay AEUG. Một cuộc chiến mới đã bắt đầu.
Một ngày nọ, ba cậu học sinh sơ trung – Kazuki Yasaka, Toi Kuji, và Enta Jinai – tình cờ gặp một sinh vật lạ có hình dáng giống kappa, tên của nó là Keppi và nó tự xưng mình là người kế thừa ngôi vị tại vương quốc Kappa.
Shinjiro Hayata, con trai của Shin Hayata, người đầu tiên là Ultraman, có sức mạnh đặc biệt tự nhiên. Một ngày nọ, Shinjiro bị tấn công bởi những kẻ thù vô danh. Ultraman đã cứu ngày hôm đó, và lột mặt mình để cho Shinjiro biết rằng anh ta là cha mình.
Một đêm nọ, một cậu thanh niên tên Tsunashi Takuto, bơi từ đất liền ra hòn đảo Minamijuuji xanh tươi phía Nam Nhật bản. Cậu đến để gia nhập vào bậc cao trung của học viện Minamijuuji. Với thái độ tích cực và năng nổ, cậu ấy dễ dàng phát triển mối quan hệ với mọi người, đặc biệt là Agemaki Wako và Shindou Sugata.Tuy nhiên, bên dưới học viện lại ẩn chứa một bí ẩn lớn. Ở dưới có 20 robo hình người bất động.Trên một hòn đảo nằm dưới bầu trời xanh, chung quanh có biển xanh bao phủ, một câu chuyện về