Dựa trên tiểu thuyết “Hai vạn dặm dưới đáy biển” của Jules Verne: Vào năm 1889, thế giới đang trên đỉnh cao khám phá công nghệ. Trong sự hiểu biết của nhân loại với tương lai thì tồn tại kẻ xấu mang tên Gargoyle muốn khôi phục Đế Chế Atlantean phồn vinh ngày nào bằng cách triển khai kế hoạch xâm chiếm thế giới.
Câu truyện xoay quanh một nữ sinh tên là Nanafa Kyan. Nanafa sống ở Okinawa với bà ngoại mình là người điều hành "Kame Soba", là một cửa hàng xinh đẹp. Chị gái của cô Nao người đang học ở trường trung học, và đứa em gái tên là Kokona thì học ở trường tiểu học, em có một khả năng mạnh mẽ nên có thể cảm nhận được siêu nhiên.
Câu chuyện kể về cuốn nhật kí chứa đầy kinh nghiệm của Kiitarou với yêu quái.Anh ấy là một cậu bé với một ý nghĩa tinh thần rất mạnh mẽ và khi anh tới nhà kho bị cấm. Anh đã sớm tìm thấy một nơi để sinh sống ở đó và gặp được một hồn ma tên là Suzu. Anh và Suzu nhanh chóng hợp lực chống lại các loại quái vật, khởi đầu với một Nurikabe (một loại ma ngăn cản du khách) và mokumokuran
Câu chuyện kể về cuộc đấu tranh không khoan nhượng của lớp F nơi tụ hội của biết bao anh tài, những con người "nguy hiểm nhưng cứ tỏ ra mình ngu" để có thể dành được môi trường học tập tốt nhất cụ thể là dụng cụ của lớp A.
diễn ra trong năm 2017, một nhóm các nhà khoa học thiên tài đạt được một bước đột phá đáng kể trong công nghệ sinh học. Tuy nhiên, tất cả các công nghệ mới được đưa vào sử dụng quân sự, bắt đầu một vòng mới của cuộc chạy đua vũ.