Câu chuyện diễn ra tại học viện tư thục Buou -một học viện lớn án ngự dưới chân núi Phú Sỹ linh thiêng do gia tộc Tokugawa lập nên. Học viên của trường đều là con cháu-họ hàng của các gia tộc samurai và được đào tạo -huấn luyện các kỹ năng chiến đấu và tư tưởng Mạc Phủ để phục vụ cho Đại Nhật Bản sau khi tốt nghiệp .
phần 2 sau các sự kiện của trò chơi thứ hai tập trung vào các lục địa bị mất của Mu. Các nền văn minh cổ xưa đã biến mất từ lâu, và một vài trong sốnhững tàn tích của nó vẫn còn tồn tại như những huyền thoại và truyền thuyết gọi là UMAs (Mystery Unidentified vật tương tự như FM-IANS rằngcũng có khả năng kết hợp được với con người). Các UMAs bắt đầu hợp nhấtvới con người để tìm kiếm những kho báu của Mu, các OOPArts mạnh mẽ,mà sẽ cung cấp cho họ khả năng hồi sinh Mu.
Câu chuyện diễn ra trong thế kỷ 21. Do thực tế rằng ô nhiễm đã trở thành một vấn đề lớn, các nhà khoa học đã phát triển việc sử dụng nhiên liệu hydro được gọi là HBT như là một thay thế cho nhiên liệu hóa thạch. Vào thời điểm này, con người đã xâm chiếm sao Hỏa để tìm kiếm địa điểm mới để gọi về nhà là kết quả của sự bùng nổ dân số.
Aichi ban đầu là một trường trung học dành cho nữ , khi nó trở thành nam nữ học chung, các cô gái, vì sợ hãi, đã yêu cầu được phép mang vũ khí đến trường. Khi điều đó được chấp thuận, một nhóm gồm năm thành viên được gọi là "ngũ kiếm TENKA GOKEN" đã được thành lập
Trên lục địa Cruzon, cuộc chiến giữa đế chế Krisna và quốc gia Athens đang gần kề. Người dân trên hòn đảo này có thể sử dụng quartz để thực hiện điều ước của mình. Nhưng một người không thể sử dụng quartz là Rygart Arrow. Cậu ta không phải là một phù thủy thực thụ nhưng vì thế mà cậu ta có thể điều khiển 1 golem cổ xưa, một golem bá đạo có thể chống lại cuộc xâm lăng của đội quân Athens.