Chào mừng bạn đến với thế giới của Gensokyo, trong đó youkai (Thuật ngữ cho tất cả các loại sinh vật tâm linh), động vật và một số người sống, tách biệt hoàn toàn với thế giới của chúng ta bằng một rào cản ma thuật. Cửa ngõ duy nhất giữa hai thế giới là đền thờ Hakurei.
Linh Kiếm phái thành lập với Cửu Châu lịch 4233 năm, mấy ngàn năm qua trước sau tận sức ở làm ngành nghề cung cấp nhất lưu tu tiên nhân tài, bây giờ xếp vào Vạn Tiên minh ngũ đại siêu phẩm tông phái một trong, chưởng môn Phong Ngâm chân nhân đảm nhiệm Vạn Tiên minh bảy đại thường vụ trưởng lão, tu vi cái thế.
Touka Kuroizu là trợ lý nghiên cứu thuộc Phòng phát triển quái vật của tổ chức tà ác Agastia. Tuy nhiên, kẻ thù mà cô phải chiến đấu lúc này không phải là những anh hùng của công lý, mà là ông chủ của cô.
Câu chuyện xoay quay cuộc sống của Tenko-chan và Kamiyama Sawatarou cùng với mọi người trong gia đình toàn những kẻ khác người (hay còn gọi là thần), Tenko và Sawatarou được sinh ra cùng 1 ngày cùng 1 giờ và cùng một nơi, nhưng không phải là anh em, Tenko được gửi đến để giám sát Sawatarou.
Iwatani Naofumi bị triệu hồi vào thế giới song song cùng với 3 thằng đực rựa khác. Mỗi đứa đều được trang bị 4 thanh Huyền Khí khi được triệu hồi, Naofumi được nhận Huyền Thuẫn.