Chuyện kể về Kaizaki Arata, một người đàn ông 27 tuổi thất nghiệp. Cuộc sống của anh thay đổi khi gặp Yoake Ryou của Viện nghiên cứu Relife, người đã đưa anh một loại thuốc khiến diện mạo trở về tuổi 17. Anh sẽ phải thử nghiệm nó trong vòng một năm. Sau đó Kaizaki đã trở lại cuộc sống của một học sinh trung học lần nữa.
Câu chuyện xảy ra sau khi các sự kiện của Grisaia no Meikyuu. Kazami Yuuji đã bị giam giữ khi bị nghi ngờ có tham gia vào một tổ chức khủng bố quốc tế, cầm đầu là tên Heath Oslo, đã quản lý để nhập biên giới của Nhật Bản với một vũ khí mới tàn phá hủy diệt hàng loạt trong tay.
Tại một thành phố với phần lớn là học sinh biết sử dụng siêu năng lực, và đồng thời có sự tồn tại của pháp thuật. Cánh tay phải của Toma Kamijyo có khả năng vô hiệu hóa pháp thuật, siêu năng lực, hay thậm chí kể cả phép màu của chúa lẫn vận may của chính mình.
Junna Tono có một người em gái sinh đôi là Senna. Cậu là học sinh của trường trung học tư thục Sakurahama. Trong quá khứ, một tai nạn đã khiến cậu mất cha mẹ và cả ký ức của mình…và rồi hiên tại
Câu chuyện xoay quanh Houtarou, người có cách sống khá xa cách và thờ ơ, luôn tìm cách để "tiết kiệm năng lượng" hết mức có thể. Cậu bị chị mình ép phải gia nhập câu lạc bộ văn học.