Mở đầu câu chuyện, Takemichi 26 tuổi, là một cậu thanh niên thất nghiệp, sống tại Tokyo nhận được tin cô bạn gái duy nhất của mình từ hồi sơ trung – Hinata qua đời trong một vụ ẩu đả giữa các băng nhóm tội phạm. Trong khoảnh khắc khi Takemichi bị đẩy xuống đường ray xe lửa, cậu đã vượt thời gian quay trở về thời còn học sơ trung.
Scorpion tên thật là Hanzo Hashashi, người vừa lãnh đạo bộ lạc Shirai Ryu trở nên bất khả chiến bại và làm tất cả đối thủ khiếp sợ. Sức mạnh của Hanzo vừa khiến anh bị nhiều kẻ thù dòm ngó. Bọn chúng thậm chí còn đặt cho anh biệt hiệu Scorpion (Bò cạp).
Tên khác : Ken il Guerriero, Seikimatsu Kyuseishu Densetsu: Hokuto no Ken Năm 19xx, chiến tranh hạt nhân tàn phá trái đất, các băng nhóm tội phạm trỗi dậy kiểm soát, khống chế các văn phòng chính phủ khắp nơi trên thế giới. Công lý không còn tồn tại, một thế giới vô luật lệ làm điên đảo con người.
Hanasaki Tsubomi là một nữ sinh lớp 8 thích hoa và cây cối. Một ngày nọ cô ấy mơ một giấc mơ kỳ lạ. Trong giấc mơ đó, một cây to đầy bông đã xuất hiện. Đột nhiên nó mất tất cả hoa và một nàng tiên xuất hiện. Vài ngày sau Tsubomi chuyển đến Meidou Gakuen,đột nhiên tiên từ giấc mơ xuất hiện và kêu Tsubomi trở thành chiến binh huyền thoại Pretty Cure và bảo vệ cây Tree of Hearts. Từ đây, những Pretty cure mới ra đời!
Câu chuyện xoay quanh nữ sinh trung học Shio Ogura đến thăm Đài Loan trong một chuyến dã ngoại của trường, và bất ngờ bị những quái vật mang tên "Evolved Invaders" tấn công. Quân đội không có cách nào chống lại chúng, nhưng giữa lúc hoang mang, những đặc vụ E-Gene Holder bí ẩn thuộc cơ quan chính phủ DOGOO xuất hiện.