In the year Regild Century 1014, an entire millennium has passed since the end of the fabled Universal Century, where legends like Amuro Ray and Char Aznable ruled the battlefield as ace mobile suit pilots. The Earths surface that was once hotly contested is now mostly abandoned, with humanity preferring to live in space colonies and the surface of the moon.
Liên đoàn điều tra Birdy đuổi theo nhà không gian hình sự Geega qua không gian đến Trái Đất, nơi ông giấu trong ngành công nghiệp giải trí giả dạng con người. Birdy giả dạng làm mô hình "Arita Shion" thường sử dụng một cô gái không gian. Một học sinh nam, Senkawa, tình cờ gặp phải một cuộc chiến giữa hai nhóm trong một tòa nhà bỏ hoang và mọi thứ xảy ra như nào mời bạn đón xem
500 năm trước một đứa trẻ dị giáo được mang lên thiên đình và giao vào tay Konzen Douji chăm sóc, tại đây Goku – đứa trẻ ấy đã tìm được những người bạn thật sự của mình. Khi chứng kiến Nataku chết trước mặt, Goku đã nổi điên và giết hết tất cả binh lính của thiên đình có mặt tại nơi đó.
Trước khi xóa sổ loài người khỏi thế giới, các vị thần cho họ cơ hội cuối cùng để chứng minh họ đáng được sống. Đã đến lúc Đại chiến người và thần bắt đầu!
Tiếp theo Season 1, Season 2 này sẽ đi sâu vào câu truyện về các Sister. Là những cảm xúc và hành đồng nhất thời của Mikoto Misaka khi cô phát hiện ra kế hoạch Sister. Kế hoạch được vạch ra để đưa Level 5 Accelerator lên Level 6.