Nhận lời thuyết phục của Bat Family và các thành viên Justice League, Batman quyết định thực hiện một chuyến nghỉ mát rời khỏi Gotham và tạm thời giao lại thành phố cho các thành viên của Justice League. Nhưng ngay khi Batman vừa rời khỏi Gotham, những tên tội phạm khét tiếng như Joker, Poison Ivy... vượt ngục và đe dọa an nguy của thành phố.
Câu chuyện này diễn ra vào khoảng thời gian giữa 2 phần Madagascar và Madagascar 2, bao gồm các nhân vật đã quen thuộc với khán giả. Phim bắt đầu khi Ông già Noel và các con tuần lộc gặp sự cố trong lúc hạ cánh xuống một hòn đảo. Sau cú va đập đó, ông đã mất trí nhớ nên không thể tiếp tục công việc phân phát quà của mình. Vì vậy, Alex, Marty, Melman, Gloria và nhóm chim cánh cụt đã thay ông đảm nhận trách nhiệm này. Thế rồi bao nhiêu tình huống dở khóc dở cười đã xảy ra trong suốt quá trình làm
Sau khi nghe vua cha tuyên bố người thắng cuộc trong thế vận hội ếch sẽ được lấy công chúa, nàng liền bỏ chạy và bí mật tập luyện. Mục tiêu của công chúa là muốn chiến thắng thế vận hội và dành lấy tự do cho mình. Trong khi đó tên rắn Serpent độc ác muốn phá hoại thế vận hội và chiếm trọn vương quốc. Giờ đây nàng công chúa phải hợp sức với các bạn của mình để chống lại nạnh độc của con rắn tàn bạo.
một thiên tài 15 tuổi và Liz – con gái của một nhà khoa học nổi tiếng. Danny luôn bị cô lập trong chính ngôi trường mà cậu theo học vì trí thông minh của mình. Về phía Liz, cô luôn cố gắng vượt qua cái bóng của cha mình để được coi là một thiên tài theo đúng nghĩa.
Trường Trung học Canterlot gặp lại đối thủ là Trường Dự Bị Crystal trong một cuộc thi đầy duyên nợ mang tên: The Friendship Games. Cuộc thi là một chuỗi các môn thể thao cạnh tranh quyết liệt bởi các nhóm đại diện cho hai trường.