Cafe Kuronekotei là một quán cà phê nằm ở một góc của quận 5 của Cố đô. Những cô gái làm việc ở đó là những con búp bê cơ khí tự động (automata), đỉnh cao của công nghệ hiện đại. Chúng được tạo ra để làm vũ khí chiến đấu trong cuộc đại chiến, nhưng chiến tranh giờ đã kết thúc.
Câu chuyện sẽ tập trung vào Hana, con trai của You và Anna. The story will center on You and Annas son, Hana.
Film được chuyển thể từ side-story manga cùng tên của Motoi Fuyukawa, là 1 spin-off từ light novel gốc To Aru Majutsu no Index của Kazuma Kamachi.
Tenma, Alone và Sasha là 3 người bạn thân thiết từ thuở ấu thơ. Số phận chia cắt 3 họ ở những độ tuổi khác nhau và cũng chính số phận cho họ hội tụ lại, nhưng giờ không phải dưới danh nghĩ 3 người bạn thời thuơ ấu nữa mà là Thánh Đấu sĩ cung Thiên Mã - Tema, Minh Vương Hades - Alone và Nữ Thần Athena - Shasa.
Ngày xửa ngày xưa, một kẻ thù không xác định, Unknown, bất ngờ xuất hiện. “Cơ quan phát triển đường sắt siêu tiến hóa” đã phát triển “Shinkalion”, một robot biến hình thành tàu cao tốc, như một biện pháp đối phó với mối đe dọa này.