Keisuke là một học sinh lớp năm không tin vào ma, UFO, hoặc thậm chí yêu quái. Gần đây, anh đã nhận thấy rằng Natsume đã về nhà trễ, và một ngày quyết định kết hôn với cô. Khi anh phát hiện ra rằng Natsume đi đến một cơ quan thám tử youkai, Natsume buộc phải liên quan đến Keisuke trong các hoạt động của cô.
Bối cảnh phim xảy ra trên con tàu Aegis hiện đại, trên tàu có đầy đủ lực lượng của Bộ quốc phòng cũng như của Lực lượng tự vệ bờ biển Nhật Bản. Ran bị đe dọa, và Conan bắt buộc phải đối đầu với một tên tội phạm nguy hiểm.
Những Giây Cuối Cùng Tới Thiên Đường: Haibara đã bị Tổ chức áo đen nghe lén những cuộc điện thoại và một trong những địa điểm mà Haibara sẽ có mặt là buổi khai trương được tổ chức tại tòa tháp đôi Tokyo. Tổ chức áo đen lên kế hoạch ám sát Haibara và những người có liên quan. Trong buổi khai trương, hàng loạt vụ giết người đã xảy ra, Conan nghi ngờ có sự xếp đặt của Tổ chức áo đen. Trong khi chưa tìm ra được manh mối thì tòa tháp đôi đã bị đánh bom . Hàng loạt vụ nổ xảy ra, tất cả chìm trong
The series broadcast will be delayed "due to circumstances." Starting May 1, the series will be rebroadcast from its first episode in place of episode 18.
Câu chuyện về hòn đảo Hand được thiết lập một chút trước các sự kiện trong One Piece Movie Z. Đặc biệt cũng sẽ có một cảnh hồi tưởng đến những câu chuyện trong chương đầu tiên của manga.