Ngay khi hành tinh này tiến gần đến Thế chiến thứ ba, những cá nhân có siêu năng lực đã xuất hiện từ khắp nơi trên thế giới để duy trì hòa bình. Họ trở thành biểu tượng của quốc gia mình, nỗ lực hạn chế tội phạm và đưa những kẻ ác ra trước công lý.
Bối cảnh diễn ra vào năm 2046. Cậu Haruyuki Arita cảm thấy mình luôn bị xã hội hắt hủi. Tủi thân với thực tại, cậu đi tìm cảm giác hơn người trong thế giới game ảo. Tất cả đã thay đổi khi cậu gặp Kuroyuki Hime, cô gái nổi tiếng nhất của trường. Kuroyuki Hime đã đưa cậu vào Thế giới gia tốc qua một chương trình gọi là Brain Burst.
Heron, một thường dân ở Hy Lạp cổ đại, khám phá ra di sản đích thực của mình với danh phận là con trai của Zeus cùng lẽ sống: cứu thế giới khỏi đội quân quỷ dữ.
Urashima, một hòn đảo cách xa đất liền. Những con người trên đảo có một cuộc sống rất vô tư. Nhưng năm năm trước, ba đại gia đình trên đảo đã phải chịu một loạt những bất hạnh ập đến. Người dân trên đảo cắt đứt liên lạc với đất liền và dân số dần suy giảm. Chìa khóa để cứu hòn đảo nằm trong ba cô gái thuộc về ba gia đình.
Cuộc sống của Ayato Kamina, chàng sinh viên họa sĩ 17 tuổi, bỗng nhiên gián đoạn bởi một kẻ theo dõi bí ẩn. Những chiến đấu cơ xâm nhập thành phố và một cỗ máy lạ xuất hiện. Một cuộc hành trình nội tâm đi tìm chính mình, khám phá những bí ẩn xung quanh cô gái huyền bí Reika Mishima, sự thật về sự tồn tại của MU cũng chiến binh thiên thần RahXephon.