Câu chuyện bắt đầu khi cậu bé Shindou Hikaru tình cờ đến nhà ông nội và bắt gặp 1 chiếc bàn cờ vây cổ, không ai nhìn thấy vết máu trên bàn cờ ngoài cậu. Sau đó, cậu đã gặp Fujiwara no Sai, 1 kỳ thủ cờ vây đến từ thời đại Heian, vốn là 1 người dạy cờ vây cho nhà vua, nhưng bị 1 người dạy cờ khác ganh ghét hãm hại, nên bị đuổi khỏi thành.
Arsène Lupin III, cháu nội của siêu đạo chích huyền thoại Arsène Lupin, được mệnh danh là tên trộm xuất chúng nhất thế giới, nổi tiếng với việc thông báo trước những vật báu quý giá mà mình sẽ định lấy đi cho chủ sở hữu của nó.Trợ thủ đắc lực và cũng là đồng minh thân cận nhất của Lupin là Daisuke Jigen, một thiện xạ - người có thể rút súng hạ gục mục tiêu trong vòng 0.3 giây. Mặc dù Lupin và Jigen thường xuyên làm việc theo nhóm hai người, nhưng đôi khi họ cũng xuất hiện cùng với Goemon
Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
London thế kỷ 19, trong thủ đô của nó, nơi có một bức tường chia phía đông và phía tây của Vương quốc Albion. Năm nữ sinh trung học, đăng ký vào trường Queens Fair Fair có tiếng tăm, tham gia vào các hoạt động gián điệp liên quan đến cải trang, thâm nhập, đuổi theo xe ô tô, và nhiều hơn nữa. Những cô gái này tận dụng khả năng đặc biệt của họ và bay vòng quanh thế giới bóng tối.
Lấy bối cảnh thời chiến quốc Nhật Bản (Sengoku Jidai) bắt đầu tử khoảng giữa thế kỷ 15. Sau khi hợp lực đánh bại Quỷ Vương Nobunaga ở phần 1 , Date Masamune-Độc Nhãn Long vùng Oushuu lại một lần nữa tái đấu với với Sanada Yukimura-Tiểu Hổ vùng Kai.