Sau khi thế giới Digimon có được hòa bình nhờ vào sự giúp đỡ của 8 đứa trẻ đến từ thế giới loài người. Nhưng Tứ Linh lúc này vẫn còn bị kẹt trong phong ấn của Dark Master do Apocalymon tạo ra và để có thể được giải thoát
Câu chuyện này diễn ra khoảng một trăm năm trước. Nadja là một cô gái vui vẻ, tươi sáng, được nuôi dưỡng trong một trại trẻ mồ côi gần London, Anh. Nadja được giao cho trại trẻ mồ côi khi cô còn nhỏ.
Iwatani Naofumi bị triệu hồi vào thế giới song song cùng với 3 thằng đực rựa khác. Mỗi đứa đều được trang bị 4 thanh Huyền Khí khi được triệu hồi, Naofumi được nhận Huyền Khiên. Tiếc cái ở cái thế giới này lại tôn thờ Tam Đại Thánh Khí (chém đó) bao gồm Thương, Cung, Kiếm và tất nhiên Khiên lại được cho là thứ tà giáo
Vào thời Edo, Rin, con gái của một đường chủ võ đường đã bắt đầu cuộc hành trình báo thù cho cha mẹ mình. Trên chặng đường, Rin đã tìm đến một người được mệnh danh là Bách Nhân Trảm (Giết trăm người) có tên là Manji để cầu xin sự giúp đỡ của anh. Và từ đó cuộc hành trình báo thù của Rin và Manji, người đàn ông bước đi trong dòng đời bất tận bắt đầu từ đây
Arsène Lupin III, cháu nội của siêu đạo chích huyền thoại Arsène Lupin, được mệnh danh là tên trộm xuất chúng nhất thế giới, nổi tiếng với việc thông báo trước những vật báu quý giá mà mình sẽ định lấy đi cho chủ sở hữu của nó.Trợ thủ đắc lực và cũng là đồng minh thân cận nhất của Lupin là Daisuke Jigen, một thiện xạ - người có thể rút súng hạ gục mục tiêu trong vòng 0.3 giây. Mặc dù Lupin và Jigen thường xuyên làm việc theo nhóm hai người, nhưng đôi khi họ cũng xuất hiện cùng với Goemon