Tiếp theo Season 1, Season 2 này sẽ đi sâu vào câu truyện về các Sister. Là những cảm xúc và hành đồng nhất thời của Mikoto Misaka khi cô phát hiện ra kế hoạch Sister. Kế hoạch được vạch ra để đưa Level 5 Accelerator lên Level 6.
Một trung úy trẻ của Zeon, Bernie, đã bí mật thâm nhập khu vực Colony số 6, tại đó, anh ta đã gặp Al, một cậu bé ngây thơ. Hai người trở thành bạn và rồi Bernie bắt đầu thích người hàng xóm của Al, Chris, một nữ phi công lái Gundam, thứ Bernie đang tìm cách tiêu diệt.
Itou Kaiji is a bum who steals car emblems and slashes tires on what seems to be a regular basis. This routine changes one day when he is paid a visit by a man in a trench-coat. Once the two get talking, it seems that the visitor (Calling himself Endou) is a debt collector. The reason for his visit is an unpaid loan which kaiji had previously co-signed for a work-mate (Furuhata Takeshi).
Dựa trên trò chơi nhập vai hành động của trường COLOPL. Vào năm 2045. Thế giới đã bị ô nhiễm bởi Irousu (kẻ xâm lược bí ẩn đột nhiên xuất hiện), và con người thấy mình bị hạn chế và thế là chống lại những kẻ xâm lược là những cô gái bình thường ở khắp mọi nơi, không có quân đội hùng mạnh hoặc thậm chí vũ khí.
Câu chuyện xảy ra ở tương lai gần khi mà GunPla Battles, một cuộc thi nơi các mẫu Gundam nhựa chiến đấu với nhau, trở nên nổi tiếng toàn cầu trong sự kiện "Quả bom GunPla lần 2". Sei Iori, một cậu bé lớp 7 và là con của một chủ shop chuyên bán các mẫu lắp ghép Gundam, rất có tài lắp ráp GunPla, nhưng cậu bé lại mù tịt về GunPla Battles.