Câu chuyện xảy ra sau khi các sự kiện của Grisaia no Meikyuu. Kazami Yuuji đã bị giam giữ khi bị nghi ngờ có tham gia vào một tổ chức khủng bố quốc tế, cầm đầu là tên Heath Oslo, đã quản lý để nhập biên giới của Nhật Bản với một vũ khí mới tàn phá hủy diệt hàng loạt trong tay.
Câu chuyện xoay quanh cô nàng Momoko xinh đẹp (nhưng kém may mắn), Shibumi điềm đạm và Mayumi ngây thơ. Cả ba cùng xuất hiện trong câu chuyện “không lời” này. Đúng vậy! Không nói chuyện, không hội thoại, chỉ có hiệu ứng âm thanh và cuộc sống hằng ngày của ba nàng nữ sinh cao trung.
Trong những hoạt động ngầm nguy hiểm của thành phố Academy là linh lực gia cấp 5 Accelerator. Anh có thể tiêu diệt bất cứ ai nhờ năng lực của mình, năng lực này cho phép anh tạo ra một trường mỏng của mục tiêu xung quanh anh và chi phối véc tơ của bất cứ thứ gì anh chạm vào. Suốt cuộc đời của Accelerator, anh luôn là đối tượng bị tấn công, do đó, anh mất niềm tin vào con người và chỉ tin vào sức mạnh.
Thế giới tồn tại hai thế giới song song. Một là thế giới con người, Assiah. Một là thế giới ác quỷ, Gehenna. Hai thế giới cơ bản không thể thông với nhau. Tuy nhiên, loài quỷ có thể tới Assiah bằng cách chiếm hữu thể xác con người
Bộ phim theo chân một sinh viên năm thứ 3 ở Kyoto, và những sinh hoạt trong những câu lạc bộ ở trường. Cậu ta gặp Uozu, một sinh viên khác, đã lừa cậu ta vào những tình huống khó xử khác nhau. Cậu ta dành hết tình cảm của mình cho một nữ sinh viên năm thứ hai, Akashi, và thực hiện những lời hứa mà cậu ta đã hứa với cô ấy. Đỉnh cao của câu chuyện thường xuyên được đẩy lên cao khi những hành động của cậu ta luôn đi ngược lại với mong muốn của Akashi.