Các quốc gia trên toàn thế giới thành lập một liên minh để chống lại kẻ thù mới nổi của nhân loại Neuroi, kẻ mà chỉ những cô gái có sức mạnh đặc biệt mới có thể chống lại. Tuy nhiên, Neuroi không bao giờ xuất hiện. Thay vì chiến đấu, các phù thủy dành cả ngày nhàn rỗi.
Paranoia Agent nói về Sagi Tsukiko là 1 designer trẻ tuổi mới nổi nhờ mẫu thiết kế mới nhất của cô, chú chó Maromi. 1 đêm nọ, khi đang trên đường về nhà Tsukiko bị 1 kẻ lạ mặt tấn công. Cô miêu tả hắn "là 1 thằng nhóc cấp 1, đi giày trượt vàng, cầm chiếc gậy bóng chày vàng bị bẻ cong", sau cảnh sát đặt biệt hiệu "Shounen Bat" (Lil Slugger).
Hoshimiya Eiji là một cậu bé trung học sống nội tâm,mong muốn thế giới bị hủy diệt. Mong muốn của cậu ta cũng trùng hợp với một loạt các thảm họa quy mô lớn mà đột nhiên quét qua toàn bộ hành tinh, dẫn đến cái chết thảm của hàng triệu người. Đồng thời, những người đặc biệt ở tất cả các nơi trên thế giới đều thực hiện mong muốn đó của cậu ta, và đã được cấp quyền hạn dựa trên Orders và Eiji là một trong số chúng. Eiji tự nhiên đi đến kết luận rằng cậu chịu trách nhiệm cho việc tiêu hủy.
Jiyuu Nanohana đã trở lại với cuộc sống bình thường. Tuy nhiên, 1 hôm, trên đường đến trường, Jiyuu lại nhận được miếng che mắt Lovely Eyepatch ngày xưa. Lần này, Jiyuu lại phải tiếp tục cuộc chiến của mình trước những đối thủ mới: 1 là những đối thủ từ môn phái Yagyuu phương Bắc đến từ Siberia, và 2 là 1 nhân vật bí ẩn tự xưng là Jubei Yagyuu Đệ nhị - truyền nhân thực sự của phái Yagyuu Shinkage.
Một thanh niên bị bắt nạt được tái sinh ở thế giới khác và cuộc sống bình yên của cậu bắt đầu lại từ đầu...