Once, the land of Togenkyo was a peaceful land, where humans and yokai lived together. Then, however, men appeared who tried to revive Gyumaoh, the Great Yokai who was slain by the war god Nataku Taishi and buried in Houtou Castle 500 years ago, by using a forbidden combination of chemistry and magic
Chuyển thể từ game đi động cùng tên là câu chuyện về một anh chàng tỉnh dậy ở thế giới phép thuật không có ký ức gì và Cuộc phiêu lưu của chàng trai ấy và các nữ pháp sư xinh đẹp bắt đầu.
Ở phần này Satoshi,Iris và Dento lại tiếp tục chuyến đi của họ tới vùng Isshu để tham gia giải đấu.Trong chuyến phiêu họ của họ đã đụng độ Nhóm Rocket vẫn như cũ Giovanni sẽ lại tiếp tục kế hoạch đánh cắp các Pokemon huyền thoại Meloetta. Hikari và Shirona cùng những vị khách mới sẽ xuất hiện.
Jiyuu Nanohana đã trở lại với cuộc sống bình thường. Tuy nhiên, 1 hôm, trên đường đến trường, Jiyuu lại nhận được miếng che mắt Lovely Eyepatch ngày xưa. Lần này, Jiyuu lại phải tiếp tục cuộc chiến của mình trước những đối thủ mới: 1 là những đối thủ từ môn phái Yagyuu phương Bắc đến từ Siberia, và 2 là 1 nhân vật bí ẩn tự xưng là Jubei Yagyuu Đệ nhị - truyền nhân thực sự của phái Yagyuu Shinkage.
Vào cái ngày tốt nghiệp trung học, em họ của Itsuki, Mahiru, nói với anh rằng cô đang mang thai. Ngay sau đó, một cánh cửa ánh sáng xuất hiện và mang cả hai vào thế giới của Granvania. Tại vùng đất này, "tạp chất" đã gây ra một sự xáo trộn cho các ngôi sao, cuối cùng lao xuống Granvania tạo nên 1 mớ hỗn độn.