Vào những năm đầu thời Chính Hóa (một thời đại giả tưởng), để ngăn chặn những "thông tin độc hại có thể gây ảnh hưởng xấu tới xã hội", Đạo Luật Cải Thiện Văn Hóa Phẩm đã được chính phủ Nhật thông qua, cho phép Hội Đồng Cải Thiện thả sức tiêu hủy các ấn phẩm mang nội dung gây bất lợi cho họ. Để bảo vệ quyền tự do của mình, các thư viện đã tự vũ trang, thành lập Lực Lượng Thư Viện. Mâu thuẫn giữa hai bên càng lúc càng leo thang.
Lấy bối cảnh của Tokyo ở một thế giới khác, câu chuyện dõi theo bước chân của Tokunana – một đơn vị tập hợp những người đặc biệt thuộc Phòng Cảnh sát Thủ đô. Tokunana chiến đấu chống lại “Nine” – một tổ chức tội phạm chuyên tôn thờ những con rồng đã từng tồn tại ở thế giới này.
SS3 sau giải đấu Queens Blade,Claudette lên ngôi. 4 năm sau, có một chiến binh nổi dậy đứng lên chống lại sự chuyên chế của Nữ hoàngmới. Đó là Annelotte và câu chuyện kể xoay quanh cô
300 năm sau khi kết thúc chiến tranh ở Calamity.Những quyền năng cai trị Sphere Trái đất đã bị lật đổ, nhường chỗ cho những người cai trị mới của một thế giới mới sau trận chiến.
Đã hai năm trôi qua kể từ cuộc đột kích của CCG trên Anteiku. Mặc dù khí quyển ở Tokyo đã thay đổi mạnh do ảnh hưởng của CCG, ghoul vẫn tiếp tục gây ra vấn đề khi họ bắt đầu thận trọng, đặc biệt là tổ chức khủng bố Aogiri Tree, người thừa nhận mối đe dọa ngày càng tăng của CCG đối với sự tồn tại của họ.