Ở thành phố Fukuoka, nhìn bên ngoài thì là một thành phố yên bình, nhưng tội ác lại diễn ra trong thế giới ngầm. Ở quận Hakata của thành phố, có một nhóm người có tài năng đặc biệt, bao gồm, sát thủ chuyên nghiệp, thám tử, buôn thông tin, và một người chuyên đi báo thù.
Đảo Itogami là nơi con người chung sống với các sinh vật có phép thuật khác như ma cà rồng, người thú,…Akatsuki Kojou, một học sinh cao trung đã vô tình trở thành Shinso, ma ca rồng mạnh nhất, vì vậy nên anh phải chịu sự giám sát của một pháp sư là Himeragi Yukina.
Tuy bộ anime này cũng tên là Lupin đấy, nhưng nhân vật chính không phải là Lupin mà là một con người đặc biệt khác. Đó là nàng thơ của Lupin Đệ Tam: Mine Fujiko.
Câu chuyện bắt đầu với nhân vật chính là Mayumi Doujima, một học sinh trung cấp hay gặp rắc rối ở Học viện Yubiwa. Mayumi đã vô tình gặp gỡ và kết bạn với “Trinh thám xinh trai”, năm chàng trai cực đẹp, quá đẹp nhưng lập dị và được đồn đại là chuyên gia giải quyết các câu chuyện bí ẩn tại trường thông qua một CLB phi lợi nhuận.
Sau khi kết thúc giải đấu mùa thu, đội bóng chày của trường trung học Seidou chiến đấu với những gương mặt mới và cũ khi họ bắt đầu giải đấu tại Koshien.