Seigi một cậu bé trung học giỏi võ thuật luôn khao khát bảo vệ những người yếu đuối xung quanh cậu. Trong một lần vô tình giải cứu một người đàn ông vô gia cư khỏi đám côn đồ càn quấy, Seigi đã được người đàn ông đó trao tặng Dấu Ấn - Vũ khí tối mật được Mỹ phát triển đồng thời Seigi cũng bị cuốn luôn vào trận chiến giữa Mỹ và vương quốc Serinistan hùng mạnh.
Cốt truyện của Gundam X nói về thời đại sau cuộc chiến tranh giành độc lập của các Colony, khi con người phải cố gắng tồn tại trong một thế giới bị ô nhiễm nặng nề vì hậu quả của cuộc chiến. Thế giới khắp nơi loạn lạc, các nhóm thu gom phế liệu Vulture nổi dậy. Và câu chuyện bắt đầu khi lời đồn về Newtype - những người được cường hóa sóng não trong thời chiến - trở lại, và sự xuất hiện của kẻ hủy diệt năm xưa: Gundam X. Gundam X lấy hệ thời gian là After War, và thời điểm bắt đầu là After War
Năm 1939, Neuroi, một vật thể không xác định tấn công vào trái đất. Để chống lại Neuroi một loại vũ khí đã được đặc chế có tên là Strike Unit và một lực lượng có tên Strike Witches là những người mang trong mình sứ mệnh bảo vệ trái đất.
Tsukasa, một sinh viên Đại Học, được cứu sống khỏi một cuộc tấn công của ác quỷ, đó là một con ma cà rồng đã chà trộn vào xã hội con người. Anzai, vị cứu tinh của anh, là một bán quỷ, đã lợi dụng sức mạnh siêu nhiên của anh, vì anh là thành viên của đội đặc nhiệm bí ẩn chuyên giải quyết những vụ án liên quan tới ác quỷ trong Tokyo
SS3 sau giải đấu Queens Blade,Claudette lên ngôi. 4 năm sau, có một chiến binh nổi dậy đứng lên chống lại sự chuyên chế của Nữ hoàngmới. Đó là Annelotte và câu chuyện kể xoay quanh cô