Năm 2089, 89 năm kể từ chiến tranh vũ trụ thứ nhất, đã thay đổi cuộc sống của hai chủng tộc con người và Zentradi. Cả hai chủng tộc hiện đang chung sống hòa bình trên Trái Đất thì bỗng nhiên một chủng tộc mới xuất hiện trên hệ Mặt Trời tên là Marduk. Giữa chiến trường của Lực lương không gian Liên Hợp Quốc với hạm đội Marduk, phóng viên tập sự Hibiki đã phát hiện ra Ishtar
Shouko đi du học Mỹ về và vô tình gặp lại anh bạn trai cũ đã chia tay cô, lý do là vì đứa em gái anh ta. Trong khi đó cô em Karada đó luôn mặc cảm vì cơ thể nhỏ bé của mình dù đã vào cấp 2. Cả 2 đã gặp nhau và cùng ước ở hòn đá ước, và cơ thể họ đã bị thay đổi.
Gauche là một letter bee được cử đến Yodaka để vận chuyển một món hàng và đó hóa ra lại là một cậu bé với cái tên là Lag, trong cuộc hành trình của mình với Gauche, tuy ngắn ngủi nhưng hình tượng của một Letter Bee dũng cảm giỏi giang, liều mạng sống của mình để bảo vệ những bức thư gói trọn trái tim của người viết chúng đã in sâu trong lòng của Lag. Và 5 năm sau hành trình của cậu bé Lag ngày nào để trở thành 1 letter bee bắt đầu
Because of the legend left by Tatsuya Uesugi, Meisei Academy High School was well-known for their strong baseball team. But 26 years after their glory, the team has not been able to keep their record and has since lost their fame.
Sau khi trạm chán với đội Plasma ; 3 người Satoshi, Iris, Dent bắt đầu cuộc hành trình mới tại quần đảo Dekorora N: Là chàng trai có thể nghe được giọng nói của pokemon, đi xuyên suốt vùng Isshu để tìm ra câu trả lời cho mối quan hệ giữa Pokemon và Con người. Anh ta gọi Pokemon là những người bạn. Ghetsis Harmonia: Thủ lĩnh đội tổ chức tà ác Plasma, âm mưu thâu tóm vùng Isshu, đang tìm kiếm N.