Câu chuyện diễn ra ở thời điểm năm 2020, khi nhân loại đối mặt với đại dịch Coro... À khoan! Nhầm rồi. Câu chuyện diễn ra ở tương lai năm 2030, con người phải đối mặt với một đại nạn virus tên Gibia (tên gọi của lớp Côn trùng)
Chuyện kể về Elk, thợ săn tiền thưởng trong một số thế giới cực kỳ hiện đại ,kỳ lạ.
Hoshimiya Eiji là một cậu bé trung học sống nội tâm,mong muốn thế giới bị hủy diệt. Mong muốn của cậu ta cũng trùng hợp với một loạt các thảm họa quy mô lớn mà đột nhiên quét qua toàn bộ hành tinh, dẫn đến cái chết thảm của hàng triệu người. Đồng thời, những người đặc biệt ở tất cả các nơi trên thế giới đều thực hiện mong muốn đó của cậu ta, và đã được cấp quyền hạn dựa trên Orders và Eiji là một trong số chúng. Eiji tự nhiên đi đến kết luận rằng cậu chịu trách nhiệm cho việc tiêu hủy.
câu chuyện diễn ra trên một hòn đảo, nơi một “Hệ thống Fractale” đang bắt đầu sụp đổ. Một ngày nọ, Clain tìm thấy một cô gái bị thương gọi là Phryne dưới một vách đá. Cô biến mất để lại một mặt dây chuyền. Clain đặt ra cho một cuộc hành trình với những cô gái có hình avatar Nessa để tìm Phryne và phát hiện ra bí mật của hệ thống Fractale.
Hiro có thể nhìn thấy Digimon sau khi kích hoạt một "Digivice" mà cha anh đã để lại cho anh. Cùng với Digimon Gammamon, họ điều tra những hiện tượng bất thường xảy ra xung quanh trong cuộc sống hàng ngày của họ, và từ từ bước chân vào thế giới của Digimon.