Tại Hokkaido, vùng đất phương Bắc của Nhật, Sugimoto đã sống sót qua chiến tranh Nga-Nhật thời Meiji. Được mệnh danh là "Sugimoto Bất Khả Chiến Bại" trong thời chiến, anh giờ tìm kiếm sự giàu để có thể cứu được người vợ của bằng hữu trong chiến tranh-người giờ đã chết.
Trong tương lai xa, con người xây dựng nhà cửa và nuôi thú vật dưới hang ngầm lòng đất. Kết quả, Họ sống trong sợ hãi của những trận động đất và sụp hầm, và đã vài trăm năm trôi qua, Jeeha là một trong những ngôi làng đó.Một ngày kia, một cậu bé tên Simon đột nhiên tìm thấy một mũi khoan nhỏ, sáng bóng trong khi đào mở rộng đất cho làng. Cùng lúc đó, Kamina, một anh chàng tin tưởng rằng phía trên ngôi làng là một miền đất khác, lập nên một băng để phá xuyên qua mái vòm để có thể rời khỏi hang
được dựa trên các vấn đề liên quan đến vị bác sĩ Maverick rực rỡ tạo ra bởi nhà tiên phong manga Osamu Tezuka. Prequel này sau Black Jack khi anh vẫn còn là một sinh viên y khoa trong năm 1960.
CLB Robot của trường Chuuoutanegashima đang đứng trước nguy cơ giải tán. CLB chỉ có 2 thành viên là Kaito Yashio, 1 nam sinh chỉ chăm chỉ chơi game đối kháng robot, và ko quan tâm đến CLB. 1 nữ sinh ăn hại, táo bạo có tên Akiho Senomiya, muốn hoàn thành chế tạo 1 con robot. 1 ngày kia Kaito phát hiện ra 1 bản báo cáo viết về A.R, trong này còn có 1 bản cáo trạng về âm mưu của người có tên Kou Kimishima.
Sau khi các nhà khoa học và học giả dự báo về thảm họa toàn cầu: một thiên thạch sẽ đâm vào Trái Đất trong tương lai gần, chính phủ các nước đã tổ chức họp kín để đề ra các kế sách ngăn ngừa mối hiểm họa này. Một trong số đó là dự án "7SEEDS". "7SEEDS" được thành lập nhằm lưu giữ và duy trì con người phòng trường hợp cả nhân loại bị tuyệt diệt sau cú va chạm giữa thiên thạch và Trái Đất