Tiếp tục sau khi cô nàng Sakura Trees trở lại. Dựa trên một phần tiếp theo của trò chơi PS2 DaCapo gốc, câu chuyện một lần nữa sẽ diễn ra vào Hatsunejima, nhưng được thiết lập 53 năm sau khi các sự kiện của DC và DCSS. Mặc dù một số ký tự có thể sẽ xem xét một chút quen thuộc để mắt khởi xướng, dàn diễn viên là một cái mới.
Yuzuka Hanami có một cuộc sống bình thường như bao nhiêu người khác,vẫn sống và học tập ở một trường trung học.Số phận cô bỗng chốc thay đổi kể từ khi cô được tiếp cận với một sinh vật bí ẩn từ đâu xuất hiện trước mặt cô,chính sinh vật này đã tiết lộ cho cô biết thân phận thật sự của mình.
Vào đầu thế kỉ 20, cùng với sự tiến bộ về công nghệ, các nhà khoa học bắt đầu quan tâm tới ma thuật cấp cao. Sự kết hợp giữa khoa học và ma thuật đã tao ra Makinot – những vòng phép có thể mang lại sự sống, thậm chí là nhân cách cho đồ vật. Nó được phát triển như một loại vũ khí và giờ đây đã lan rộng ra toàn thế giới. Nhân vật chính của chúng ta là Akabane Raishin – đang theo học tại học viện Hoàng Gia với hi vọng trở thành người giỏi nhất thế giới với sự trợ giúp của Yaya – một cô gái đáng
Đây có lẽ là cuối cùng của Da Capo, và nếu không, điều này chắc chắn là những câu chuyện cuối cùng về Hatsunejima và không bao giờ héo cây Sakura của nó. Rất nhiều điều được giải thích ở đây và nó cũng cho thấy một số lịch sử
Cô be Ichika rất thích các món tráng miệng nhưng do hậu đậu nên không thể làm ra chúng. Một ngày nọ, vô tình Ichika khám phá ra 1 loại bột lấp lánh trong đồ ngọt khiến người ăn cảm thấy hạnh phúc và tràn đầy năng lượng. Từ đây, cuốc chiến bảo vệ đồ ngọt khỏi những kẻ xấu âm mưu mang lại bất hạnh cho thế giời bắt đầu.