Cốt truyện của Atom The Beginning diễn ra tại Nhật Bản sau một cuộc đại tai vạ. Trong thời điểm hoang tàn đó, có 2 thiên tài luôn mơ về tương lai, đó chính là Umatarou Tenma và Hiroshi Ochanomizu. Cả hai đã làm việc ngày đêm trong phòng nghiên cứu robot - Tenma tạo ra "thần" và Ochanomizu tạo ra "người bạn".
Câu chuyện là một dòng chảy của số phận và cuộc chiến bảo vệ thế giới đi theo con đường lẽ phải. Aladin, nhân vật chính của bộ phim, đã đặt ra mục tiêu khám phá thế giới sau khi gần hết quãng đời mình bị mắc kẹt trong một căn phòng. Người bạn thân nhất của cậu ta là cây sáo và linh hồn của lửa mang tên Ugo. Chẳng bao lâu sau, Aladin phát hiện ra mình là một Magi, một nhà ma thuật có quyền chọn vua, và cậu ấy được sinh ra để lựa chọn các vị vua, những người sẽ đi theo con đường chân chính, chiến
Mười năm trước, "Cổng" xuất hiện và kết nối thế giới thực với vương quốc ma thuật và quái vật. Để chiến đấu với những con thú hèn hạ này, những người bình thường đã nhận được sức mạnh siêu phàm và được gọi là "Thợ săn".
Yoko Kanno đang hợp tác lần nữa với ca sĩ May’n (ảnh phải) về “Yamaidare cưng”, ca khúc mở đầu bài hát cho anime truyền hình Tháng Bảy Aquarion Logos . Kanno được sáng tác và sắp xếp bài hát. Mặc dù hai người đã làm việc cùng nhau trên Macross Frontier
Ichikawa Kyotaro, một người đàn ông tốt bụng và có khả năng cảm nhận âm thanh, rất quan tâm đến cô gái xinh đẹp Anna Yamada. Qua quan sát, đã phát hiện ra một khía cạnh bất ngờ của Yamada... Liệu điều kỳ diệu có xảy ra? ? Bằng cách này, tuổi trẻ của Kyotaro bắt đầu thay đổi rất lặng lẽ.