Cuộc sống của Ayato Kamina, chàng sinh viên họa sĩ 17 tuổi, bỗng nhiên gián đoạn bởi một kẻ theo dõi bí ẩn. Những chiến đấu cơ xâm nhập thành phố và một cỗ máy lạ xuất hiện. Một cuộc hành trình nội tâm đi tìm chính mình, khám phá những bí ẩn xung quanh cô gái huyền bí Reika Mishima, sự thật về sự tồn tại của MU cũng chiến binh thiên thần RahXephon.
Trong câu chuyện này, Gaimetal, là một loại metal chứa rất nhiều nguồn năng lượng tinh khiết và nó được người ta phát hiện dưới độ sâu 50.000m dưới lòng đất vào năm 2047. Sau vụ đó mọi người đổ xô nhau đi đầu loại metal đó. Tuy nhiên, Gaist, một metal dạng sống với cơ thể được bao bọc bởi các Gaimetal đã xuất bắt đầu xuất hiện vào năm 2055 và bọn chúng đã tấn công người dân. Chục năm sau đó, năm 2064, Rekka, Hayato, Kurama, Siren là những người sở hữu Gaist Gear đã cùng nhau chống lại hơn 100
Lấy bối cảnh của một xã hội đang chìm trong hỗn loạn khi mà Nhân loại buộc phải chung sống với mọi loài quái vật, yêu ma, quỷ quái trên khắp thế gian. Những tên quái vật hắc ám ấy được loài người gọi chung bằng một cái tên là "Ám Trú Nhân / Cư dân bóng đêm" hoặc đơn giản hơn là Darkstalker. Dưới sự bành trướng của các Darkstalker, Nhân loại đã phải sống trong cảnh cơ cực khi mất đi ánh mặt trời.
Thanh niên nhân vật chính đang sống yên ổn cùng với người chị và dân làng. Đùng cái một đám Goblin tấn công làng với khẩu hiệu Diệt trai hiếp gái, dĩ nhiên thằng main núp trốn nhìn chị nó bị hành hạ. Sau này thù quá hóa hận luyện Quỳ Hoa Bảo Điển lên và mỗi hành Goblin đến mức có luôn nick name vô cùng ngầu là Kẻ thảo phạt Goblin.
Phi hành gia đầu tiên trong lịch sử loài người là một cô gái ma cà rồng. Sau khi Chiến tranh thế giới thứ hai kết thúc, các siêu cường phân chia thế giới, Cộng hòa Liên bang Zirnitra ở phía Đông và Vương quốc Anh Arnack ở phía Tây, đã chuyển tham vọng lãnh thổ sang không gian. Cả hai quốc gia đã và đang cạnh tranh gay gắt để phát triển.