Valkyria Chronicles is set in a fictitious continent reminiscent of 1930s Europe. The continent, called Europa, is divided into two main powers: The Imperial Empire, a monarchy in the east, and the alliance of democracies called the Federation in the west.
Trên lục địa bị cai trị bởi sự hỗn loạn, các chúa tể có quyền lực của một dấu ấn thánh thần có thể làm dịu sự hỗn loạn và bảo vệ người dân. Tuy nhiên, trước khi ai đó nhận ra điều đó, các nhà cai trị đã gạt tín ngưỡng của họ sang 1 bên để làm sạch sự hỗn loạn, và thay vì bắt đầu chém giết lẫn nhau để có được sự thống trị của nhau.
Câu chuyện xảy ra vào năm 305 theo lịch Alcian. Lúc bấy giờ, thế giới đã bị kiểm soát bởi những con số. Mỗi người sinh ra đều được in dấu với “Bộ đếm”, những con số này có thể ở bất cứ nghĩa gì từ số km đi bộ đến số người đã nói thức ăn của mình ngon.
Seth là một phù thủy đầy tham vọng từ khu vực Pompo Hills. Giống như tất cả các pháp sư, ông là một bị nhiễm, một trong số ít những sinh vật sống sót sau sự tiếp xúc của Nemesis - những sinh vật rơi xuống từ bầu trời làm ô nhiễm và phân hủy tất cả những người mà họ chạm vào.
Ninja tưởng chừng như đã bị tiêu diệt sau Thế chiến thứ 2 nhưng thực ra họ vẫn còn tồn tại cho đến ngày nay, chỉ là không thực hiện nhiệm vụ công khai mà thôi.