Đã hai năm trôi qua kể từ cuộc đột kích của CCG trên Anteiku. Mặc dù khí quyển ở Tokyo đã thay đổi mạnh do ảnh hưởng của CCG, ghoul vẫn tiếp tục gây ra vấn đề khi họ bắt đầu thận trọng, đặc biệt là tổ chức khủng bố Aogiri Tree, người thừa nhận mối đe dọa ngày càng tăng của CCG đối với sự tồn tại của họ.
Khi câu chuyện bắt đầu, nó trông giống một kiểu “City Hunter” trong không gian, vớI chất hài được thể hiện rõ.Vash là kẻ bị truy nã, nhưng anh trông vụng về và quai quái. Còn những ngườI được cử theo sát anh cũng chả bình thường chút nào, vì Millie và Meryll không phảI dạng người thích hợp để giám sát ngườI như Vash. Khi các nhân vật dần lộ diện và hành động, trọng tâm dường như đặt vào chất hài hơn là cốt truyện nghiêm túc
Câu chuyện diễn ra trong thời phong kiến Nhật Bản.Truyện kể về những cuộc phiêu lưu của Jubei Kibagami, một ninja đánh thuê, người có tài dùng kiếm chém gió , người được cho một nhiệm vụ bảo vệ Thánh Long Thạch và bảo vệ Cô Gái Ánh Sáng(Shigure) từ các đảng Hiruko và Kimon.
Một hôm Yachi Haruaki nhận được "quà" từ ba mình ở hải ngoại là 1 cái hộp bự tổ bố và rôì đêm đó, cậu đã phát hiện 1 cô gái "trần như nhộng" đang ăn vụng bánh gạo trong bếp nhà mình.
Khi bậc thầy sát thủ Usui Yuen dò xét một loạt các vụ ám sát được thực hiện đối với đại gia tộc samurai, Satsuma, anh đã gặp Kurima Raizo, thành viên và là người còn sống sót sau một trong những cuộc tấn công.