Phòng học trống trải, ngày tháng buồn tẻ. Nó được cho là một kỳ nghỉ hè bình thường như bao kỳ khác. Đột nhiên, ngôi trường bắt đầu trôi qua một chiều không gian khác, và 36 chàng trai và cô gái bị bỏ lại ở đó, thức tỉnh khả năng siêu nhiên của họ. Giữa vòng xoáy của những câu hỏi lần lượt xuất hiện trong đầu, sự sống còn trong một thế giới siêu nhiên bắt đầu.
Mệt mỏi vì viết câu đố cho trẻ em, Yamaoka Momosuke lên kế hoạch thu thập những câu chuyện ma quái và khủng khiếp và xuất bản chúng trong một tuyển tập có tên Hyakumonogatari (Một trăm câu chuyện). Trong khi nghiên cứu những huyền thoại và truyền thuyết cũ này, anh tình cờ gặp một bộ ba bí ẩn tự gọi mình là Ongyou. Họ là những thám tử đang điều tra các truyền thuyết để tiết lộ sự thật của họ
Câu chuyện kể về Kotogawa, một tài xế taxi 41 tuổi không có người thân và sống rất khép kín. Những cuộc trò chuyện với các vị khách của mình đã đưa anh ta đến với bí ẩn về một cô gái mất tích.
Cùng với Madara, một Ayakashi hùng mạnh dưới hình dạng một chú mèo mập, Natsume lại trải qua những ngày tháng đầy rắc rối của mình. Nhưng mỗi một yêu quái cậu gặp là mỗi một cảnh đời, mỗi một niềm vui nỗi buồn khác nhau. Giúp đỡ hay phản bội, chia ly hay hội ngộ, tất cả đều trải qua rất nhanh khiến Natsume càng cảm thấy sợ sự cô đơn, nhưng Madara đã nói “Cuộc sống của con người ngắn ngủi đến đáng sợ, nhưng ta sẽ cùng cậu trải qua sự ngắn ngủi ấy”
xoay quanh Daimon Kaito, 1 nam sinh yêu thích những câu đố (puzzle) đang học tại học viện Root. Một ngày, chủ tịch hội học sinh chỉ dẫn cậu tới 1 khu vực đổ nát dưới lòng đất của trường, tại đó cậu cùng với cô bạn gái Nonoha cùng nhau giải 1 câu đố được xem là "không thể giải được", do một tổ chức tình báo bí hiểm tên POG làm ra. Khi giải nó thành công, Kaito trở thành 1 "người giải đố", và từ đây cậu phải hợp tác với những người giải đó khác chống lại những bí ẩn mà POG đặt ra trên toàn thế