Nhân vật nữ chính mới của Magia Record là Iroha, một Ma Trang Thiếu Nữ đang tìm kiếm người em gái của mình tên là Ui đã mất tích ở Kamihama. Và cũng tại Kamihama, Madoka cũng đang tìm kiếm Homura đã bị mất tích.
Nhân vật vật chính – Goro Mutsumi, là một người vô cùng xui xẻo, với công việc, chuyện học hành và đặc biệt là với phụ nữ và bạn gái. Đến một ngày, cậu gặp một bà bói thông báo cho cậu là sẽ có một cuộc gặp gỡ định mệnh và bà đưa cho cậu ta một cái điện thoại di động, với nó bà ta hứa rằng vận may sẽ đến với cậu.
Trong năm 298 từ thời của các vị thần, các học sinh tiểu học Sumi Washio, Sonoko Nogi và Gin Minowa được giao nhiệm vụ quan trọng. Họ sẽ trở thành anh hùng và chiến đấu với Vertex, một kẻ thù bí ẩn đang tấn công Shinju-sama, cây thần để bảo vệ Shikoku, khu vực duy nhất trên thế giới vẫn còn sống được. Điều mà họ không biết là cuộc chiến này sẽ tốn kém nhiều hơn những gì họ có thể tưởng tượng được.
Đây là Serie thứ 4 sau 3 Serie trước là " Magical Girl Lyrical Nanoha " , " Magical Girl Lyrical Nanoha As " và " Magical Girl Lyrical StrikerS " ... Phần 4 này sẽ tập trung vào cô bé Vivio Takamachi trong việc tiếp nối truyền thống cũa 2 Mama là " Fate Testarossa " và " Nanoha Takamachi " , " Không đánh nhau thì không phãi là bạn "
Phép thuật, đó không còn là truyền thuyết hay một câu chuyện cổ tích nữa. Nó đã trở thành một công nghệ thực tiễn từ gần một thế kỷ nay. Pháp sư, đó là cách mà người ta gọi những con người mang trong mình một tài năng phép thuật ưu việt.