Câu chuyện kể về Sakamoto Ryuta, một NEET thực sự (Vô học vô công vô nghề...) và cậu là người đứng top 1 trong game Btooom! và 1 lần khi cậu thức dậy thấy mình đang ở 1 đảo hoang xa lạ, và có 1 hình bóng lạ ném cho cậu một thứ gì đó và vật đó chính là 1 quả bom, chính nhờ đó mà cậu mới nhận ra rằng mình đã rời vào bên trong trò chơi Btooom! và một câu chuyện nặng mùi bom đạn bắt đầu!
Dựa trên manga cùng tên của tác giá Kamijou Akimine. Sakurakouji Sakura là một nữ sinh cao trung xinh xắn và rất được ái mộ, nhưng thật ra cô là bậc thầy về võ thuật. Sau khi tận mắt chứng kiến một chàng trai thiêu chết người khác bằng ngọn lửa màu xanh lam, cô giật mình khi người đó lại là học sinh mới chuyển đến, Ogami Rei. Ogami là một Code: Breaker – một dạng sát thủ với những khả năng đặc biệt và là thành viên của một tổ chức bí mật phục vụ cho chính phủ.
Sau sự sụp đổ của tổ chức Museum, tuy việc sản xuất và phân phối Gaia Memory, thiết bị cho người sử dụng khả năng biến thành quái vật với sức mạnh to lớn, đã bị ngưng lại. Dù thế nhưng các Gaia Memory còn sót lại vẫn được bán tại chợ đen và tiếp tục gây ra những hiện tượng kì lạ cho thành phố Fuuto.
Nhân vật chính là Masaru, vừa thừa hưởng một tài sản lớn sau cái chết của cha mình. Tuy nhiên, mọi người đang cố gắng để lấy của cậu bằng mọi cách ngay cả khi nó có nghĩa là giết chết cậu ta. Narumi giúp Masaru không bị bắt cóc sau khi đánh với những kẻ lạ.
Shimazu Toyohisa, trong khi tham gia vào các trận chiến Sekigahara, Toyohisa thấy mình được đưa đến một hành lang của cửa ra vào, nơi mà một người đàn ông đeo kính ở bàn đợi anh ta. Người đàn ông này, Murasaki, gửi Toyohisa vào cánh cửa gần nhất nơi mà anh tỉnh dậy trong một thế giới khác.