Paranoia Agent nói về Sagi Tsukiko là 1 designer trẻ tuổi mới nổi nhờ mẫu thiết kế mới nhất của cô, chú chó Maromi. 1 đêm nọ, khi đang trên đường về nhà Tsukiko bị 1 kẻ lạ mặt tấn công. Cô miêu tả hắn "là 1 thằng nhóc cấp 1, đi giày trượt vàng, cầm chiếc gậy bóng chày vàng bị bẻ cong", sau cảnh sát đặt biệt hiệu "Shounen Bat" (Lil Slugger).
Xoay quanh việc các nhân vật nổi tiếng thời Chiến Quốc từ thế giới song song (nam/nữ đảo ngược) lạc đến thế giới của chúng ta. Các nhân vật này đều có giới tính khác với lịch sử, trông như là các nữ sinh trung học. Họ đã rất bỡ ngỡ với thế giới mới, thời đại mới này, và dần dần trở thành bạn trong cuộc phiêu lưu kì lạ này...
CLB Robot của trường Chuuoutanegashima đang đứng trước nguy cơ giải tán. CLB chỉ có 2 thành viên là Kaito Yashio, 1 nam sinh chỉ chăm chỉ chơi game đối kháng robot, và ko quan tâm đến CLB. 1 nữ sinh ăn hại, táo bạo có tên Akiho Senomiya, muốn hoàn thành chế tạo 1 con robot. 1 ngày kia Kaito phát hiện ra 1 bản báo cáo viết về A.R, trong này còn có 1 bản cáo trạng về âm mưu của người có tên Kou Kimishima.
Hành trình đi thu thập tử thi của Loạn Phá Sư Huynh Muội và Quan Tài Công Chúa. For 500 years, the Taboo Emperor, Arthur Gaz, ruled the Gaz Empire with an iron fist and conducted inhumane experiments on his own people. But his reign came to an end five years ago, when mighty warriors—later known as the Eight Heroes—defeated him in a battle for the capital.
Tại Hokkaido, vùng đất phương Bắc của Nhật, Sugimoto đã sống sót qua chiến tranh Nga-Nhật thời Meiji. Được mệnh danh là "Sugimoto Bất Khả Chiến Bại" trong thời chiến, anh giờ tìm kiếm sự giàu để có thể cứu được người vợ của bằng hữu trong chiến tranh-người giờ đã chết.