Seth là một phù thủy đầy tham vọng từ khu vực Pompo Hills. Giống như tất cả các pháp sư, ông là một bị nhiễm, một trong số ít những sinh vật sống sót sau sự tiếp xúc của Nemesis - những sinh vật rơi xuống từ bầu trời làm ô nhiễm và phân hủy tất cả những người mà họ chạm vào.
Vào 1863 khi kỷ nguyên samurai rối ren sắp chấm dứt, Nhật Bản bị chia rẽ giữa các phe phái ủng hộ và thống trị phiến quân. Số phận của thế giới bị đe dọa như là một đội quân của các nhà cải cách lịch sử được gửi từ tương lai để thay đổi quá trình lịch sử
Tiếp nối serie về Digimon Xros Wars, câu chuyện lần này vẫn về Kudou Taiki và các nhân vật mới. Câu chuyện lần này sẽ xoay quanh 1 bí mật ở Thế giới tồn tại giữa thế giới con người và thế giới số, nhân vật chính là Akashi Tagiru
Có một sinh vật tà ác được gọi là Aratama tấn công mọi người, và một nhóm Miko đang diệt trừ những sinh vật đó bằng cách sử dụng kiếm từ thời cổ đại. Những người mặc đồng phục và kiếm được gọi là Toji, người được chính thức gọi là Tokubetsu Saishi Kitoutai (Đội Đặc nhiệm Nghi thức Ritual) trong hiệp hội cảnh sát. Họ chính thức được chấp thuận sử dụng thanh kiếm của các quan chức chính phủ.
Năm cuối cấp 2, nam sinh Futaba tình cờ đi xem biểu diễn và nhận ra bản thân thích những người đàn ông vạm vỡ, lực lưỡng to cao có cơ mông săn chắc và đó không phải là nội dung của anime này.